《秘密授课》是一部架空校园奇幻漫画。在圣罗兰学院，学生们除了普通课程，每周还必须参加一门神秘的“秘密授课”。授课老师身份不明，戴着面具，教授的内容千奇百怪：如何解读影子中的信息、如何在梦境中构建防御、如何让植物快速生长。主角艾琳在参加课程后，发现自己身体里沉睡的远古力量开始苏醒，而这门课，似乎与百年前学院创始人封印的“灾厄”有关。
灾厄解封，艾琳和同学们在神秘导师的引导下，用课堂上所学的所有“非科学”知识，联手将灾厄再次封印。封印完成后，导师的席位空无一人，只留下一枚闪光的徽章。
在决战前夜，艾琳终于揭开了导师的面具，发现他竟然是学院创始人的灵魂残片，一直以这种方式教导学生们，是为了培养出能继承他意志、对抗灾厄的“种子”。
秘密授课的阶段性考核是“影之试炼”，学生们必须潜入自己的影子，面对内心最恐惧的怪物。艾琳在试炼中见到了变成怪物的自己，她必须学会接受自己的力量才能过关。
导师开始教授“梦境构筑”，让同学们的意识相连，共同创造一个美丽的梦境世界。但艾琳却在梦境边缘，看到了一个正在吞噬这个世界的黑色旋涡。
艾琳第一次参加秘密授课，导师教他们“聆听”。全班静默十分钟，艾琳听到了一颗种子在花盆里破壳的声音，也听到了脚下大地深处，某种巨大生物的心跳声。
新生入学，艾琳拿到了一张奇怪的课表，上面有一门没有任何说明的“秘密授课”，时间在每周三深夜，地点是钟楼顶层。带着好奇与不安，她第一次踏上了那个旋转楼梯。